Hankkeeseen liittyvän täydennyskoulutuksen toteuttamisestavastaa Jyväskylän yliopisto. Täydennyskoulutus toteutetaan Opetushallituksen myöntämällä valtionavustuksella, Jyväskylän yliopiston hankehakemuksessa esitettyjen periaatteiden mukaisesti.

Täydennyskoulutuksen yhteydessä pyritään käyttämään hyväksi olemassa olevaa täydennyskoulutusjärjestelmää ja näin levittämään Liikkuva koulu -hankkeen sisältöjä sekä fyysisen aktiivisuuden suosituksia käytännön koulumaailmaan. Koulutuksien järjestämisessä Jyväskylän yliopisto toimii yhteistyössä järjestöjen ja opetus- ja kulttuuriministeriön alaisen aluehallinnon kanssa.